Norske fylkeskommuner ble selvstendige administrative enheter fra 1976. Før dette var fylkesmannen også administrasjon for fylkeskommunene.

Troms fylkeskommune er en politisk styrt organisasjon der fylkestinget er den øverste myndighet og parlamentarisme er fylkets styringsmodell og ledes av folkevalgte politikere.

Fylkeskommunen har bl.a. ansvaret for regional utvikling, videregående utdanning, fylkesveier og offentlig transport inklusiv skoleskyss, offentlig tannhelsetjeneste, kulturminnevern, fylkesbibliotek, friluftsliv, fordeling av tippemidler og støtte til næringslivet.

De største arbeidsområdene er vidergående utdanning og offentlig tannhelsetjeneste. Troms fylkeskommune har ansvaret for å drive 13 videregående skoler som har ca 6200 elever pr. år og 1400 tilsatte. Tannhelsetjenesten har 22 fast betjente tannklinikker, 2 sykehusklinikker og 3 ambuleringsklinikker. I tillegg administrerer fylkeskommunen driften av Universitetstannklinikken og Tannhelsetjenestens kompetansesenter for Nord-Norge. Tannhelsetjenesten sysselsetter i underkant av 300 ansatte.